请教有关评估调帐的问题

unsun88

遇到一个项目不太清楚如何处理，还请指教：
初始设立为集体企业，97年时转给一个自然人，但仍挂靠在集体企业下面，即所谓的“红帽子”企业，97至2007年间多次以盈余公积转增注册资本，同时，在2007年进行确权，政府确认以评估后净资产改制为有限责任公司，整体评估增值3000多万转增股本，并进行了股权转让，请问期间历史沿革是否存在问题，该如何整改，涉及哪些税收，金额为多少？
谢谢！