1、影响香港公司其他业务事项的办理。

2、银行账户被冻结。随着香港本地银行对已有的本地银行账户监管越来越严格，银行会定期发出调查信函，要求香港公司递交最新年度审计报告，如未能及时递交，那么银行账户有可能被冻结。

3、信誉扫地。多年累积的客户信任度，可能会因为您的企业没有正常进行审计申报税务，而被客人知道后导致信誉扫地；

4、罚款与处罚。香港公司审计不及时就会产生罚款，如一直不处理，最后的处罚将会是被告上法庭或限制出入香港。

在税务及公司上面：

1.对逾期未缴纳的税款征收附加费用：

如果第一期税款没有如期缴清，税务局会加征全部欠税（包括第二期税款）的5%附加费，第二期税款将视为立即到期而论。税务局就在缴税日期计起6个月之后仍未缴清再加征10%的附加费用。

2.在区域法院进行民事起诉追讨欠税

税务部门可以向区域法院申请发出传讯，向欠税人进行民事起诉，追讨欠税，拖欠税款的纳税人除须缴付在登录判决时已到期缴付的欠税外，还须负责缴付法院费用、定额讼费及由申索诉讼开始至判定债项全数清缴日期间的利息。

如获法院裁定的债项仍未清缴，税务局可申请扣押债务人财产令状，扣押纳税人的动产；或就该名纳税人的不动产执行押记令。税务局亦会提出破产／清盘的申请。

3.向第三者发出追收税款通知书追收税款

向第三者包括：纳税人的雇主、开户银行、租客、债务人、顾客等发出追收税款通知书追收税款。如果欠税人未能按照预期还税日期缴税，则需负上被规定缴付的全部税款的个人法律责任。

4.向区域法院申请阻止离境

若纳税人没有缴付税款而意图离开香港或已离开香港，税务局局长可向区域法院申请阻止离境指示阻止该纳税人离开香港。

5.信用拉黑

如果公司负责人未及时或者按照缴税日期缴税，相关部门会将其信用纳入香港黑名单，对于以后在香港经营，购房，融资，出行都会被限制，会照成很大的影响。